株の税金と特定口座｜「源泉徴収あり」でも確定申告したほうが得なケースがある

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結論：口座の選び方より、「損した年に申告したか」で差がつく

株の税金は、税率だけ見ればシンプルです。利益に対して20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%）。これは所得の大小に関係なく一律です。

多くの人が「特定口座の源泉徴収ありにしておけば何もしなくていい」と理解して、そこで止まります。間違ってはいませんが、そこで止まると損をします。

差がつくのはここです。

損した年に確定申告をしたかどうか。

損失は確定申告することで、最長3年間繰り越して翌年以降の利益と相殺できます。申告しなければ、この権利は消えます。

私は短期トレードを2年ほど毎日やってきましたし、会社の決算も毎年やっていますが、取り返せるのに取り返していない人が本当に多いと感じます。この記事では、その取りこぼしを防ぐ話を中心に書きます。

株の税金の基本——課税されるのは2種類

計算式はこうです。

譲渡益 ＝ 売却代金 −（取得費 ＋ 売買手数料など）
税額 ＝ 譲渡益 × 20.315%

手数料は取得費・譲渡費用に含められます。 デイトレのように回数が多いと、この積み上がりは小さくありません。

口座の3種類——まず「特定口座・源泉徴収あり」でいい

結論から言えば、最初は「特定口座・源泉徴収あり」で問題ありません。 年間取引報告書が作られるので、後から申告することもできます。

ただし「源泉徴収あり」の落とし穴

源泉徴収ありは、利益が出るたびに自動で税金が引かれます。

つまり、

• 前半で+50万円 → 約10万円が引かれる
• 後半で−50万円 → 年間トータルはゼロ

このとき、引かれすぎた税金は年末に証券会社が自動で還付します（同一口座内なら精算されます）。ここは心配いりません。

問題は複数の証券会社を使っている場合です。

• A社で+50万円 → 約10万円が引かれる
• B社で−50万円 → 何も起きない

このままだと、トータルはゼロなのに10万円払ったままです。 これを取り戻すには、確定申告で損益通算するしかありません。

口座を複数持つことを推奨した以上、この点は必ずセットで知っておいてください。

【本題】損した年こそ確定申告する

ここが記事の核心です。

損失は3年間繰り越せる

上場株式等の譲渡損失は、確定申告をすることで最長3年間繰り越し、翌年以降の利益と相殺できます（繰越控除）。

具体例を出します。

申告したかどうかだけで、20万円以上の差になります。

しかも1年目の申告は、その年に納める税金が増えるわけではありません（損失なので）。手続きをするかどうかだけの違いです。

注意：繰越は「毎年続けて申告」が必要

見落とされやすい点です。繰り越している間は、取引がなかった年も含めて毎年連続して確定申告する必要があります。

1年でも申告を飛ばすと、そこで繰越の権利は切れます。3年間は必ず申告し続けてください。

経営でいう「繰越欠損金」と同じ発想

会社にも、赤字を翌期以降に繰り越して黒字と相殺する制度があります（繰越欠損金）。考え方はまったく同じです。

事業では当たり前にやることを、個人の投資では多くの人がやっていません。理由は単純で、「損した年に税務の手続きをする」という発想がないからです。

損した年こそ、手を動かす価値があります。

損益通算——他の口座・配当とも相殺できる

同じ年の中で、損失と利益を相殺することを損益通算といいます。

相殺できるもの・できないものを整理します。

NISAの損失は「なかったこと」になる

これは新NISAで最も見落とされる点です。

NISA口座の損失は、損益通算も繰越控除もできません。 税務上は存在しないものとして扱われます。

NISAは利益が非課税になる制度なので、裏返しとして損失も認識されません。「非課税だから常に有利」ではないということです（新NISAの始め方）。

配当の扱いは選べる

上場株式の配当は、申告不要／申告分離課税／総合課税の3つから選べます。

• 譲渡損失と相殺したい → 申告分離課税を選ぶ
• 配当控除を使いたい（課税所得が低い場合） → 総合課税
• 何もしない → 申告不要（源泉徴収で完結）

損失が出ている年は、申告分離課税を選んで配当と相殺する——これが基本形です。

確定申告すると影響が出ること（正直に）

得な話ばかりではないので、注意点も書きます。

1. 社会保険料や扶養の判定に影響することがある

確定申告をすると、申告した所得が住民税の計算に反映されます。 国民健康保険料の算定や、配偶者の扶養の判定に影響する場合があります。

会社員で健康保険組合に加入している場合は影響しないことが多いですが、国民健康保険の方は特に確認してください。

2. 会社に知られる可能性

住民税の額が変わることで、会社の担当者が気づく可能性はゼロではありません。仕組みは副業は会社にバレる？で解説していますが、株式投資は一般に副業には該当しないので、過度に心配する必要はありません。

3. 手間がかかる

年間取引報告書があるので難しくはありませんが、ゼロではありません。 繰り越すなら3年続ける必要もあります。

「損失が小さいなら申告しない」という判断も合理的です。 20万円の損失を繰り越しても、取り戻せるのは最大4万円程度です。手間と天秤にかけてください。

デイトレをするなら知っておくこと

回数が多い人向けに、いくつか補足します。

• 手数料は経費として取得費・譲渡費用に含まれる（一日信用の手数料も同様）
• 信用取引の金利・貸株料も費用に含められる
• 特定口座なら、これらは自動で計算される——ここは証券会社に任せてよい部分です
• 年間の損益は記録と突き合わせる。ズレていたら、記録のほうが間違っています

利益が大きくなってきたら

副業の所得全体が増えてきた場合の話は副業の確定申告はいくらから？にまとめています。株式の譲渡益は分離課税なので、他の副業所得とは計算が別になる点に注意してください。

記帳や申告作業を効率化するなら、会計ソフトを使うのが現実的です。私も事業では使っています。

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口座について

税務の観点でも、年間取引報告書や損益の確認がしやすいかは地味に効きます。

私が使っているのは松井証券です。1日の約定代金50万円までなら手数料が無料で、一日信用取引の手数料も抑えられます。

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もう1つ挙げるならDMM株です。日本株と米国株を同じアプリで扱えて、板から直接発注できる高機能ツールも用意されています。

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ただし複数口座を持つなら、損益通算のために確定申告が必要になることを忘れないでください。比較はネット証券のおすすめ比較にまとめています。

よくある質問

Q. 特定口座の源泉徴収ありなら、確定申告は不要ですか？
利益が出た年は原則不要です。ただし損した年や、複数口座で損益が分かれている年は、申告したほうが得になります。「不要」と「しないほうがいい」は違います。

Q. 損失の繰越は何年ですか？
最長3年です。ただし繰り越している間は毎年連続して確定申告が必要で、1年飛ばすと権利が切れます。

Q. NISAで損したら申告できますか？
できません。 NISA口座の損失は損益通算も繰越控除もできず、税務上ないものとして扱われます。

Q. 損切りは年末にまとめてやるべきですか？
含み損の整理には税務上の意味がありますが、それを理由に損切りの判断を歪めないでください。 切るべきものはその場で切るのが先です（損切りルール）。

Q. 会社にバレませんか？
株式投資は一般に副業には該当しません。住民税の変動から気づかれる可能性はゼロではありませんが、仕組みを理解しておけば過度に心配は不要です。

Q. 一般口座は使うべきですか？
特別な理由がなければ不要です。損益を自分で計算する手間が大きく、デイトレのように回数が多いと現実的ではありません。

まとめ

1. 税率は一律20.315%。利益にも配当にもかかる
2. 最初は「特定口座・源泉徴収あり」でいい。原則、申告不要になる
3. 複数口座を使うなら、損益通算のために確定申告が必要になることがある
4. 損した年こそ確定申告する。損失は最長3年繰り越せる
5. 繰越は毎年連続で申告が必要。1年飛ばすと権利が消える
6. NISAの損失は通算も繰越もできない——「非課税だから常に有利」ではない
7. 確定申告は社会保険料や扶養に影響することがある。損失が小さいなら申告しない判断も合理的

税金は、当てにいくものではなく取りこぼさないものです。損した年に手を動かすだけで、翌年以降の手取りが変わります。

デイトレの全体像は株のデイトレの始め方、記録のつけ方はトレード記録のつけ方にまとめています。

※本記事は2026年8月時点の一般的な取り扱いをまとめたものです。税制は改正され、また個別の事情によって判断が変わります。実際の申告にあたっては、必ず税理士または所轄の税務署にご確認ください。投資判断はご自身の責任でお願いします。